Eka Kalervo Lainio syntyi Viipurissa 11. syyskuuta 1913. Hänen isänsä oli typografi Emil Lainio ja äitinsä Vilhelmiina Lainio (os. Niskanen). Eka Lainio kävi viisi luokkaa kahdeksanluokkaisesta oppikoulusta. Hän on koululaisena ollut kutsunnassa syyskuussa 1933. Sotilasvalan Lainio vannoi seuraavan vuoden lokakuussa. Palveluksessa hän sai kaasusuojelumiehen erikoiskoulutuksen ja vapautettiin täysinpalvelleena vuoden 1935 elokuussa.

Eka Lainio opiskeli Viipurin koulussa 1932-1935. Opiskelun asepalveluksen aikana teki todennäköisesti mahdolliseksi Viipurissa oleskelu: Lainio mainitsee muun muassa Ex libris-kirjassa, kuinka hän on seisonut vartiossa asepalveluksessa Viipurin vanhan linnan portilla.

Viipurin Taidekoulun johtaja oli Rurik Lindqvist, joka myös oli Eka Lainion kuvaamataidon opettajana Viipurin Lyseossa. Muita opettajia olivat Eero Lehikoinen (sommittelupiirustus, tyylioppi, tekstaus) ja Erkki Siitonen (Graafinen ja tekstiilisommittelu, koristemaalaus, muovailu, muoto-oppi). Koulussa oli tuohon aikaan kolmenlaisia luokkia: malli-, antiikki- ja prinsiippiluokka.

Lisäkoulutusta Eka Lainio hankki elämänsä aikana myös itseään kurssittamalla. Meriltä ja merien rannoilta -kirjassa Lainio kertoo kirjan kuvituksena olevista rastaista tehdyistä piirroksista, että ne on tehty Aukusti Tuhkan työpajassa. Graafikko Aukusti Tuhka opetti perustamassaan taidegrafiikan kurssiateljeessa vuosina 1958-1966. Ateljeen tarkoituksena oli edistää erityisesti litografian harrastusta ja tuntemusta taidegraafikkojen keskuudessa.

Taiteilijan muihin lapsuus- ja nuoruusajan harrastuksiin kuuluivat myös merimatkat ja kalastus. Hän on kirjoittanut kirjassaan Valaita, miehiä ja kaloja, kuinka kiisket ja salakat olivat ensimmäisiä kaloja, joihin pikkupojat tutustuivat Viipurinlahden rannoilla. Tammiston setä, joka oli ollut kova kalamies, oli ottanut pojat mukaan pitkänsiiman syöttäjiksi.

Eka Lainio liikkui merellä sekä kanootilla että purjeveneellä, ja hän on myös purjehtinut ylös Saimaan kanavan. Lainio muisteli, että ensimmäinen merimatka olisi ollut Viipurista Helsinkiin todennäköisesti kesällä 1924. Meren ja vesillä olon merkitys näkyy myös vahvana kautta Lainion taiteellisen tuotannon.

Viipurin koti tuhoutui talvisodan pommitusten aikana helmikuussa 1940. Viipurin Taiteilijaseuran toiminnanjohtaja Irma Uuskallio kertoi Viipurin kotiin liittyvän muiston Lainion kotinäyttelystä Helsingin Niemenmäessä: Lainiolla oli näyttelyn yhteydessä esillä musta ja nokinen kuparinen kahvipannu, jota hän arvosti suuresti. Tämä kahvipannu olikin ainoa, joka oli löytynyt tuhoutuneen kodin raunioista.